Фінансування ЗФПВО здійснюється за рахунок коштів державного бюджету на умовах державного замовлення на оплату послуг з підготовки військових фахівців та за рахунок інших джерел, не заборонених законодавством, з дотриманням принципів цільового та ефективного використання коштів, публічності та прозорості в ухваленні рішень.
Залучені кошти спрямовуються на провадження статутної діяльності ЗФПВО у порядку та на умовах, визначених законодавством та статутом ЗФПВО.
До фінансового плану (кошторису) ЗФПВО обов’язково включаються витрати, пов’язані з розвитком навчальної матеріально-технічної бази, із забезпеченням ліцензованими програмними продуктами для провадження наукової, науково-технічної та інноваційної діяльності, а також із проходженням навчальної, виробничої, ремонтної, корабельної та інших видів практики, військового (флотського) стажування курсантами ЗФПВО.