Безпосереднє управління діяльністю ЗФПВО здійснює його начальник, який діє на засадах єдиноначальності і на якого покладаються функції практичної реалізації завдань ЗФПВО. Права та обов’язки начальника визначаються законодавством, а також статутом ЗФПВО (положенням про структурний підрозділ вищого військового навчального закладу).