Структурними підрозділами ЗФПВО є:
підрозділи управління ЗФПВО;
основні підрозділи (відділення, циклові комісії, бібліотека, лабораторії, навчально-лабораторні комплекси, навчально-виробничі майстерні, підрозділи курсантів, підрозділи підвищення кваліфікації);
підрозділи забезпечення освітнього процесу.