Командир загону, крім виконання обов’язків, передбачених статтями 58-60, 63-65, 101, 102 Статуту внутрішньої служби Збройних Сил України, зобов’язаний:
аналізувати інформацію щодо проявів терористичної та збройної організованої злочинної діяльності, уносити пропозиції щодо найбільш доцільного застосування і використання сил і засобів загону;
у межах компетенції взаємодіяти з уповноваженими посадовими особами правоохоронних органів, Збройних Сил України, Управління державної охорони України, інших утворених відповідно до законів України військових формувань, органів місцевого самоврядування, органів прокуратури, органів державної влади, громадських об’єднань та релігійних організацій, а також адміністрацією і режимними органами об’єктів, що охороняються, та населенням;
брати участь в організації проведення антитерористичних заходів;
організовувати добір та підготовку особового складу загону відповідно до покладених на загін завдань;
забезпечувати дотримання законів України, інших нормативно-правових актів щодо застосування особовим складом загону фізичної сили, спеціальних засобів і зброї;
вивчати, узагальнювати та впроваджувати в діяльність загону позитивний досвід діяльності вітчизняних та іноземних підрозділів спеціального призначення;
брати участь у спільних навчаннях, тренуваннях, семінарах за напрямом службово-бойової діяльності загону з іншими спеціальними підрозділами;
узагальнювати, опрацьовувати та подавати начальникові територіального управління пропозиції щодо внесення змін до організаційно-штатної структури загону та його штатної чисельності;
організовувати повсякденну діяльність загону та контролювати її стан;
забезпечувати виконання заходів психологічного забезпечення особового складу загону;
запобігати й протидіяти корупційним та кримінальним правопорушенням особового складу загону;
організовувати згідно з програмами навчання бойову та спеціальну підготовку особового складу;
здійснювати заходи із забезпечення охорони державної таємниці;
виконувати заходи із технічного захисту інформації, здійснювати контроль за його належним станом та подавати пропозиції щодо його поліпшення;
особисто організовувати та здійснювати заходи контролю за дотриманням заходів безпеки та проведенням інструктивних занять з питань охорони праці із підлеглим особовим складом;
здійснювати організацію радіаційного, хімічного та біологічного захисту загону;
дотримуватись принципу забезпечення рівних прав та можливостей жінок і чоловіків у своїй діяльності.