Контроль за діяльністю шкіл-інтернатів обох типів незалежно від форми власності здійснюється з метою забезпечення реалізації єдиної державної політики у сфері загальної середньої освіти.
Державний контроль здійснюють Міністерство освіти і науки України, Державна інспекція навчальних закладів, Міністерство освіти Автономної Республіки Крим, місцеві органи виконавчої влади та органи місцевого самоврядування і підпорядковані їм органи управління освітою, органи державної санітарно-епідеміологічної служби, засновники (власники) закладу.