Школа-інтернат та санаторна школа-інтернат працюють за навчальними програмами, підручниками, посібниками, що мають відповідний гриф Міністерства освіти і науки України.
Методичні об'єднання санаторних шкіл-інтернатів можуть уносити до навчальних програм зміни та доповнення, які затверджуються відповідним органом управління освітою, що зумовлені особливостями стану здоров'я вихованців та вибором оптимального темпу оволодіння ними програмовим матеріалом.