Санаторні школи-інтернати комунальної форми власності комплектуються за направленнями, що видаються Міністерством освіти Автономної Республіки Крим, управліннями освіти і науки обласних, Київської та Севастопольської міських державних адміністрацій, на підставі висновків лікарсько-консультативних комісій дитячих поліклінік, психоневрологічних та туберкульозних диспансерів, центрів медико-соціальної реабілітації дітей; психолого-медико-педагогічних консультацій (для дітей з психоневрологічними захворюваннями).
Відповідно до профілю захворювання в Україні функціонують такі санаторні школи-інтернати: для дітей з психоневрологічними захворюваннями, хворих на сколіоз, із захворюваннями серцево-судинної системи, із хронічними неспецифічними захворюваннями органів дихання, із хронічними неспецифічними захворюваннями органів травлення, хворих на цукровий діабет, з малими і неактивними (фаза згасання) формами туберкульозу.
Направлення дітей та підлітків до санаторних шкіл-інтернатів проводиться один раз на рік до 1 серпня.