Управління загально-освітньою школою-інтернатом в системі освіти здійснюється її засновником та відповідним органом державного управління освітою в межах повноважень, передбачених чинним законодавством.
Безпосередне управління школою-інтернатом здійснюють її директор та органи громадського самоврядування.