Служба ЗПММ військової частини, що входить до складу ОТО, підпорядковується службі ЗПММ територіального управління. Служба ЗПММ територіального управління та служба ЗПММ військових частин, що не входять до складу ОТО, підпорядковуються службі ЗПММ головного органу військового управління НГУ.