Адміністратор Єдиної інформаційної системи визначається на конкурсних засадах.
Порядок та умови проведення конкурсу визначаються Фондом державного майна разом з Міністерством економіки та з питань європейської інтеграції, Міністерством юстиції, Державною митною службою, Державною податковою адміністрацією.