Держмитслужба як адміністратор ЄАІС, володілець інформації в ЄАІС:
здійснює володіння, використання та розпорядження ЄАІС;
забезпечує функціонування та модернізацію ЄАІС;
забезпечує функціонування на національному рівні ЕТС та її складових, що використовуються для цілей процедури спільного транзиту, передбаченої Конвенцією про процедуру спільного транзиту;
здійснює функції, необхідні для забезпечення функціонування вебпорталу «Єдине вікно»;
створює та впроваджує інші складові ЄАІС з метою реалізації закріплених за митними органами завдань і повноважень;
затверджує порядок створення та впровадження програмних продуктів як складових ЄАІС;
проводить консультації з усіма безпосередньо заінтересованими сторонами під час впровадження інших систем ЄАІС;
здійснює контроль та моніторинг функціонування ЄАІС;
визначає умови отримання користувачами ЄАІС можливості обробляти інформацію в ЄАІС і правила обробки цієї інформації, перелік користувачів ЄАІС та їх повноваження стосовно цієї інформації;
забезпечує користувачам доступ до інформації в ЄАІС у порядку, встановленому відповідно до вимог законодавства України у сфері захисту інформації;
здійснює технічну та інформаційну підтримку користувачів ЄАІС;
здійснює навчання та методичне забезпечення користувачів ЄАІС;
розробляє умови отримання користувачами ЄАІС можливості обробляти інформацію в ЄАІС і правила обробки цієї інформації та опубліковує їх на своєму офіційному вебсайті;
забезпечує захист інформації в ЄАІС;
розробляє та здійснює заходи щодо захисту ЄАІС та інформації, що в ній обробляється;
забезпечує електронну взаємодію між ЄАІС та іншими електронними інформаційними ресурсами держави, інших суб’єктів інформаційного обміну;
затверджує формати, структуру заяв, звернень, запитів, скарг, інших документів, подання яких до митних органів передбачено законодавством України з питань митної справи та які можуть подаватися в електронній формі, а також документів, необхідних для здійснення митного контролю та митного оформлення товарів, транспортних засобів комерційного призначення та подання яких митним органам передбачено законодавством України з питань митної справи в електронній формі, протоколи обміну даними й інші технічні специфікації та оприлюднює відповідну інформацію на своєму офіційному вебсайті;
розробляє та приймає акти організаційно-розпорядчого характеру для забезпечення належного функціонування ЄАІС;
укладає угоди про інформаційне співробітництво (інформаційний обмін);
укладає договори на технічне обслуговування та залучення фахівців для виконання робіт з технічного супроводження обладнання ЄАІС;
вживає інших організаційних заходів, пов’язаних із забезпеченням функціонування ЄАІС.