Мінфін як центральний орган виконавчої влади, що забезпечує формування та реалізацію державної митної політики:
визначає можливість використання для здійснення митної справи систем як складових ЄАІС і засобів їх забезпечення, що забезпечують функціонування електронних інформаційних ресурсів митних органів, а також порядок і умови застосування цих систем шляхом затвердження положення про ЄАІС, порядку і умов застосування її систем;
визначає порядок виконання митних формальностей у разі виходу з ладу ЄАІС або АСМО;
здійснює гармонізацію відомостей, що надаються через вебпортал «Єдине вікно», відповідно до рекомендацій та на основі моделі даних Всесвітньої митної організації;
затверджує нормативно-технічний документ - набір гармонізованих відомостей для надання через вебпортал «Єдине вікно» та забезпечує його систематичний перегляд з метою гармонізації відомостей, що надаються через вебпортал «Єдине вікно»;
затверджує порядок інформаційної взаємодії між гарантами та митними органами.