Порядок доступу в ЄАІС визначається відповідно до законодавства у сфері захисту інформації. Умови отримання користувачами ЄАІС можливості обробляти інформацію в ЄАІС та правила обробки цієї інформації опубліковуються на офіційному вебсайті Держмитслужби.