Призначенням ЕТС є забезпечення виконання митних формальностей, передбачених Конвенцією про процедуру спільного транзиту та Кодексом, обмін інформацією та взаємодія між митними органами, у тому числі іноземних держав.
ЕТС функціонує на національному рівні та сумісна з New Computerised Transit System (NCTS), що функціонує на міжнародному рівні.
Для обміну інформацією для цілей процедури спільного транзиту країнами-учасницями Конвенції про процедуру спільного транзиту використовується Спільна комунікаційна мережа / Спільний системний інтерфейс Європейського Союзу (CCN/CSI).