Призначенням АСМО та локальних підсистем АСМО територіальних органів Держмитслужби, що взаємодіють з АСМО «Центр», є забезпечення:
виконання передбачених законодавством України з питань митної справи митних формальностей, у тому числі після завершення митного оформлення;
функціонування електронної системи управління гарантіями для інформаційної взаємодії між гарантами та митними органами, застосування гарантій та звільнення від гарантії;
функціонування автоматизованої системи управління ризиками для визначення товарів, транспортних засобів, документів і осіб, які підлягають митному контролю, форм та обсягів митного контролю, що застосовуються до таких товарів, транспортних засобів, документів і осіб, а також збору, накопичення та обробки інформації про митні формальності, визначені за результатами застосування системи управління ризиками, та інформації про результати виконання таких митних формальностей.
Інформаційна взаємодія АСМО «Центр» та локальних підсистем АСМО територіальних органів Держмитслужби здійснюється за допомогою ПТК «Електронна пошта» та вебсервісів.