До функціональних систем ЄАІС належать:
автоматизована система митного оформлення «Центр» (далі - АСМО «Центр»);
автоматизована система митного оформлення (далі - АСМО) та локальні підсистеми АСМО територіальних органів Держмитслужби, що взаємодіють з АСМО «Центр»;
Єдиний державний інформаційний вебпортал «Єдине вікно для міжнародної торгівлі» (далі - вебпортал «Єдине вікно»);
електронна транзитна система, що функціонує на національному рівні (далі - ЕТС).