Функціями ЄАІС є:
інтеграція інформаційних ресурсів;
збір, накопичення, систематизація, обробка та узагальнення інформації в ЄАІС, перетворення її у визначені формати для автоматизованої обробки, використання та надання користувачам ЄАІС в уніфікованій формі;
автоматизація та верифікація процесів інформаційної діяльності суб’єктів ЄАІС в інтерактивному режимі реального часу;
забезпечення електронної інформаційної взаємодії та електронного документообігу між суб’єктами ЄАІС;
розмежування прав доступу та надання контрольованого доступу користувачам ЄАІС до інформаційних ресурсів ЄАІС;
забезпечення захисту інформації в ЄАІС;
моніторинг стану інформаційного обміну між функціональними системами ЄАІС та засобами їх забезпечення, стану захищеності цих складових та ЄАІС в цілому.