Основними завданнями ЄАІС є:
забезпечення виконання митних формальностей, передбачених законодавством України з питань митної справи;
автоматизація процедур митного контролю та митного оформлення товарів, транспортних засобів комерційного призначення, що переміщуються через митний кордон України, у тому числі митного контролю після завершення митного оформлення таких товарів, визначення форм та обсягів митного контролю, механізмів тарифного і нетарифного регулювання зовнішньоекономічної діяльності, сприяння захисту прав інтелектуальної власності, справляння митних платежів, ведення митної статистики, обміну митною інформацією, ведення Української класифікації товарів зовнішньоекономічної діяльності, прийняття рішень митними органами;
обмін інформацією та електронна взаємодія між митними органами, правоохоронними та іншими уповноваженими органами, у тому числі іноземних держав;
забезпечення електронної взаємодії між фізичними особами, фізичними особами - підприємцями, юридичними особами, нерезидентами, які є учасниками відносин, що регулюються законодавством України з питань митної справи, їх уповноваженими особами (представниками), іншими заінтересованими особами та митними органами, іншими державними органами, установами та організаціями, уповноваженими на здійснення дозвільних або контрольних функцій щодо переміщення товарів, транспортних засобів комерційного призначення через митний кордон України;
забезпечення електронної взаємодії митних органів та їх посадових осіб з метою оперативної реалізації своїх повноважень, створення умов для зменшення часових та фінансових витрат на адміністративно-управлінські, інформаційно-пошукові, розрахункові та аналітичні роботи, моніторинг зведених та окремих даних, наявних у ЄАІС, обробку та формування значних обсягів даних, формування звітності;
інформаційна підтримка здійснення митної справи під час виконання митними органами завдань і функцій, покладених на них законодавством України з питань митної справи, з метою підвищення ефективності їх виконання.