Висновки Вищої комісії з питань проходження військової служби оформлюються протоколом та мають рекомендаційний характер для прийняття остаточного рішення Міністром оборони України.
Протокол засідання Вищої комісії з питань проходження військової служби підписується головою та секретарем Вищої комісії з питань проходження військової служби. У протоколі зазначається інформація про заперечення або окремі думки голови, заступників голови та членів Вищої комісії з питань проходження військової служби з питань, які розглядаються на засіданні Вищої комісії з питань проходження військової служби.
Протоколи засідань Вищої комісії з питань проходження військової служби нумеруються та реєструються в Книзі обліку протоколів засідань Вищої комісії з питань проходження військової служби та здаються до Галузевого державного архіву Міністерства оборони України.
Витяги з протоколу засідання Вищої комісії з питань проходження військової служби протягом трьох робочих днів надсилаються секретарем Вищої комісії з питань проходження військової служби до відповідних служб персоналу.