Загальне керівництво водолазною службою організаційної структури покладається відповідно до розподілу функціональних обов’язків на заступника керівника органу чи підрозділу ДСНС, у якому її створено.
Безпосереднє керівництво водолазною службою організаційної структури покладається на начальника водолазної служби організаційної структури.