Загальне керівництво Водолазною службою ДСНС покладається на керівника самостійного структурного підрозділу апарату ДСНС, до повноважень якого належить питання здійснення організації реагування на надзвичайні ситуації.
Безпосереднє керівництво Водолазною службою ДСНС покладається на начальника водолазної служби апарату ДСНС, який за посадою одночасно є начальником Водолазної служби ДСНС.