Начальники загонів (окремих команд) відомчої ВОХОР є прямими та безпосередніми начальниками особового складу підрозділів, які несуть відповідальність за навчання, виховання та трудову дисципліну особового складу, контроль за несенням служби, за наявністю, правильним зберіганням і станом зброї та боєприпасів. Разом з керівником об'єкта, що охороняється, вони відповідають за виконання договору про його охорону.
Начальники загонів (окремих команд) призначаються на посади, переводяться та звільняються керівниками філій відповідно до чинного законодавства України.