Відомча ВОХОР організаційно складається з окремих загонів (команд), які входять до складу філій Державного підприємства спеціального зв'язку як структурні підрозділи, та з першого загону відомчої ВОХОР першої категорії як окремої філії Державного підприємства спеціального зв'язку.
Відповідно до штатної чисельності підрозділів воєнізованої охорони встановлюються такі групи щодо оплати праці начальницького складу:
Загони: I групи - 350 і більше одиниць; II групи від 200 до 350 одиниць; III групи від 75 до 200 одиниць.
Команди: I групи від 50 до 75 одиниць; II групи від 35 до 50 одиниць; III групи від 15 до 35 одиниць;
Групи: від 10 до 15 одиниць; Відділення: від 6 до 10 одиниць.
Зарахування загону (команди) до першої категорії визначається важливістю об'єктів, що охороняються, а також кількістю приміщень, складів, виробничих ділянок (понад 90 відсотків), які обладнані ТЗО, за умови, що пульт сигналізації змонтовано у вартовому приміщенні (на посту відомчої ВОХОР).
У загонах (окремих командах) ВОХОР першої категорії в штатному розписі передбачається посада заступника начальника загону (окремої команди) - начальника штабу загону (окремої команди).
Загальне керівництво відомчою ВОХОР здійснюється Державним підприємством спеціального зв'язку.