Центральну комісію очолює перший заступник Голови Державної архівної служби України (далі - голова Центральної комісії).
Заступником голови Центральної комісії призначається керівник самостійного структурного підрозділу Державної архівної служби України, до повноважень якого належать питання забезпечення збереженості та обліку документів Національного архівного фонду.