Структура та штати Центру розробляються його керівником у межах затверджених видатків на оплату праці відповідно до чинного законодавства і затверджуються структурним підрозділом з реалізації державної молодіжної політики місцевого органу виконавчої влади, у сфері управління якого перебуває Центр.
Структурними підрозділами Центру можуть бути відділи, кабінети, лабораторії, постійно діючі та тимчасові виставки, оздоровчі та профільні табори, спортивно-туристські бази, бібліотеки, спеціалізовані та творчі майстерні та інші підрозділи, що передбачені статутом.
Центр працює за річним планом роботи, погодженим із засновником.