Структура та штати центру науково-технічної творчості учнівської молоді розробляються його керівником у межах затверджених видатків на оплату праці відповідно до встановлених нормативів і затверджуються органом управління освітою, у сфері управління якого перебуває заклад.
Структурними підрозділами закладу можуть бути відділи, кабінети, лабораторії, постійно діючі та тимчасові виставки, оздоровчі та профільні табори, спортивно-туристські бази, бібліотеки, спеціалізовані та творчі майстерні, цехи, бокси, басейни, стадіони, полігони, майданчики початкового водіння автомобілем, автодроми, картодроми, корти, гаражі та інші підрозділи.