Державний контроль за діяльністю центру, будинку, клубу еколого-натуралістичної творчості учнівської молоді, станції юних натуралістів здійснюють МОН, Рада міністрів Автономної Республіки Крим, обласні, Київська та Севастопольська міські, районні державні адміністрації, до сфери управління яких належать заклади, органи місцевого самоврядування та їх виконавчі органи.