Структура та штати центру, будинку, клубу еколого-натуралістичної творчості учнівської молоді, станції юних натуралістів розробляються його керівником у межах затверджених видатків на оплату праці відповідно до встановлених нормативів і затверджуються органом управління освітою, у сфері управління якого перебуває заклад.
Структурними підрозділами закладу можуть бути відділи, лабораторії, оздоровчий табір, бібліотека, навчально-виробничі та творчі майстерні, навчально-дослідні земельні ділянки, теплично-парниковий комплекс, зимовий сад, тваринницькі ферми та інші підрозділи. Заклад може також створювати відповідні підрозділи для підвищення кваліфікації педагогічних працівників за напрямом еколого-натуралістичної роботи.
Структурні підрозділи закладу діють на основі відповідних положень, що розробляються закладом і затверджуються його керівником.