Центр, будинок, клуб еколого-натуралістичної творчості учнівської молоді, станція юних натуралістів проводять координаційно-методичну роботу, спрямовану на удосконалення програм, змісту, форм і методів діяльності гуртків, секцій, студій, клубів та інших творчих об'єднань, підвищення майстерності педагогічних працівників за напрямами роботи.
У центрі, будинку, клубі еколого-натуралістичної творчості учнівської молоді, на станції юних натуралістів можуть функціонувати методичні об'єднання за напрямами діяльності гуртків, секцій, студій, клубів та інших творчих об'єднань, що охоплюють педагогічних працівників певного професійного спрямування.
З метою удосконалення системи навчання і виховання у центрі, будинку, клубі еколого-натуралістичної творчості учнівської молоді, на станції юних натуралістів можуть створюватись методичні ради, комісії, до складу яких входять педагогічні працівники цього закладу та інші учасники навчально-виховного процесу. Діяльність методичних рад, комісій здійснюється відповідно до рекомендацій МОН.