Головні управління під час виконання покладених на них завдань щодо санітарного та епідемічного благополуччя населення взаємодіють з Радою міністрів Автономної Республіки Крим, місцевими держадміністраціями та органами місцевого самоврядування, а також підприємствами, установами, організаціями на території відповідної адміністративно-територіальної одиниці.