Головні управління у своїй діяльності керуються Конституцією та законами України, актами та дорученнями Президента України, актами Кабінету Міністрів України, дорученнями Прем'єр-міністра України, наказами Міністерства охорони здоров’я України, дорученнями Міністра охорони здоров’я України, наказами Держсанепідслужби України, дорученнями Голови Держсанепідслужби України, актами головного санітарного лікаря України, актами Ради міністрів Автономної Республіки Крим, місцевих держадміністрацій, органів місцевого самоврядування, а також цим Положенням.