Головні управління утримуються за рахунок державного бюджету.
Структуру Головних управлінь затверджує Голова Держсанепідслужби України за погодженням з Міністром охорони здоров’я України.
Штатний розпис та кошторис Головних управлінь затверджує Голова Держсанепідслужби України.
Чисельність працівників Головних управлінь затверджує Голова Держсанепідслужби України в межах граничної чисельності працівників, визначеної Кабінетом Міністрів України для територіальних органів Держсанепідслужби України.
Начальники Головних управлінь вносять пропозиції Голові Держсанепідслужби України щодо штатного розпису Головного управління та чисельності його відокремлених структурних підрозділів.