Начальник Головного управління:
здійснює керівництво Головним управлінням і є відповідальним за організацію та результати його діяльності;
організовує та забезпечує виконання Головним управлінням актів законодавства, нормативно-правових актів Міністерства охорони здоров’я України та наказів Держсанепідслужби України організаційно-розпорядчого характеру, доручень Голови Держсанепідслужби України, його першого заступника та заступника;
вносить Голові Держсанепідслужби України пропозиції щодо пріоритетів роботи Головного управління та шляхів виконання покладених на нього завдань, подає на затвердження плани роботи Головного управління;
звітує перед Головою Держсанепідслужби України щодо виконання покладених на Головне управління завдань та планів роботи;
здійснює добір кадрів у Головне управління, формує кадровий резерв на відповідні посади;
організовує роботу з підготовки, перепідготовки та підвищення кваліфікації працівників;
призначає на посади та звільняє з посад керівників структурних підрозділів Головного управління, в тому числі керівника юридичної служби за попереднім погодженням з керівником юридичної служби Держсанепідслужби України, інших державних службовців та працівників Головного управління, присвоює їм ранги державних службовців, приймає рішення щодо їх заохочення та притягнення до дисциплінарної відповідальності (крім керівників, які призначаються на посади та звільняються з посад Головою Держсанепідслужби України);
порушує перед Головою Держсанепідслужби України питання про присвоєння рангів державних службовців своїм заступникам та керівникам відокремлених структурних підрозділів, які призначаються за погодженням з Держсанепідслужою України, а також щодо заохочення та притягнення їх до дисциплінарної відповідальності;
підписує накази Головного управління та щомісяця інформує про їх перелік Держсанепідслужбу України;
розподіляє обов'язки між своїми заступниками;
затверджує положення про структурні підрозділи Головного управління в Автономній Республіці Крим, областях, містах Києві та Севастополі та на водному, залізничному, повітряному транспорті та посадові інструкції працівників;
здійснює повноваження, передбачені законодавством, та виконує функції головного державного санітарного лікаря відповідної адміністративно-територіальної одиниці або відповідного виду транспорту;
здійснює інші повноваження відповідно до законодавства.
Начальники Головних управлінь підзвітні та підконтрольні відповідно Голові Ради міністрів Автономної Республіки Крим щодо повноважень органів виконавчої влади, наданих законом Раді міністрів Автономної Республіки Крим, та головам місцевих держадміністрацій з питань здійснення повноважень місцевих держадміністрацій.