Головне управління очолює начальник, який призначається на посаду Головою Держсанепідслужби України за погодженням з Міністром охорони здоров’я України та головою місцевої держадміністрації та звільняється з посади Головою Держсанепідслужби України за погодженням з Міністром охорони здоров’я України. Начальник Головного управління за посадою є головним державним санітарним лікарем на відповідній території або відповідному виді транспорту.
Начальник Головного управління може мати двох заступників, які призначаються на посади та звільняються з посад Головою Держсанепідслужби України за погодженням з Міністром охорони здоров’я України.
Призначення виконуючого обов’язки або відсторонення від виконання обов’язків начальника Головного управління проводиться відповідно до вимог законодавства згідно з наказом Голови Держсанепідслужби України.
Начальник Головного управління призначає на посаду та звільняє з посади керівників відокремлених структурних підрозділів за попереднім письмовим погодженням з Головою Держсанепідслужби України.