Головні управління у межах своїх повноважень видають накази організаційно-розпорядчого характеру.
Акти Головних управлінь можуть бути скасовані у встановленому порядку Головою Держсанепідслужби України повністю чи в окремій частині, у тому числі за дорученням Міністра охорони здоров’я України, а також Міністром охорони здоров’я України у разі відмови Голови Держсанепідслужби України скасувати такий акт.