Головні управління Державної санітарно-епідеміологічної служби в Автономній Республіці Крим, областях, містах Києві та Севастополі, на водному, залізничному, повітряному транспорті (далі - Головні управління) та їх відокремлені структурні підрозділи в містах (міські управління) та районах (районні або міжрайонні управління) (далі - відокремлені структурні підрозділи) підпорядковуються Державній санітарно-епідеміологічній службі України і є її територіальними органами.
Голови відповідних місцевих держадміністрацій координують діяльність Головних управлінь та сприяють їм у виконанні покладених на них завдань.