Система ЕП НБУ є чотирирівневою структурою, яка складається з:
1) центрального вузла, розташованого у технологічній кімнаті будівлі НБУ;
2) регіональних вузлів, розташованих у технологічних кімнатах, де знаходяться сервери локальних обчислювальних мереж, будівель обласних управлінь НБУ, республіканського банку Криму, управління НБУ по місту Києву і Київській області;
3) головного вузла системи ЕП НБУ електронних платіжних систем (Центральна розрахункова палата НБУ);
4) абонентських вузлів, розташованих у абонентів системи ЕП НБУ;
5) абонентів - користувачів вузла системи ЕП НБУ.
Вузли системи електронної пошти НБУ і правова основа їх діяльності