Спеціалізовані гідрогеологічні та геофізичні (гідрогеологічного спрямування) роботи масштабу 1:50000 (25000) проводяться на площах з особливо складними гідрогеологічними та еколого-гідрогеологічними умовами з метою спеціалізованого гідрогеологічного картування відповідного масштабу або вирішення спеціальних гідрогеологічних питань. Роботи цієї підстадії здійснюються самостійно або в комплексі з геологознімальними роботами відповідного масштабу. Головним призначенням робіт цієї підстадії є створення комплектів крупномасштабних багатоцільових або спеціалізованих гідрогеологічних карт, виділення локальних площ і водоносних горизонтів (комплексів) для подальших пошукових і пошуково-оцінювальних робіт на підземні води з оцінкою їх прогнозних ресурсів та, в окремих випадках, попередньо розвіданих експлуатаційних запасів категорії С2.