Заступники керівника Спеціалізованої екологічної прокуратури, начальник управління, начальники відділів та їхні заступники відповідають за належне виконання підлеглими працівниками службових обов'язків, своєчасне та якісне виконання завдань і службових доручень керівництва Офісу Генерального прокурора та Спеціалізованої екологічної прокуратури.