Відділи очолюють начальники відділів, які (крім начальника відділу організаційно-аналітичного та документального забезпечення) мають заступників. У разі відсутності начальників відділів їхні обов'язки виконують заступники начальників відділів, а начальника відділу організаційно-аналітичного та документального забезпечення - прокурор цього відділу або начальник одного із відділів Спеціалізованої екологічної прокуратури згідно з наказом Генерального прокурора.