Спеціалізовану екологічну прокуратуру очолює керівник, який має двох заступників. У разі відсутності керівника Спеціалізованої екологічної прокуратури його обов'язки виконує один із заступників керівника Спеціалізованої екологічної прокуратури відповідно до наказу Генерального прокурора.