До складу Спеціалізованої екологічної прокуратури входять:
1) управління організації і процесуального керівництва досудовим розслідуванням та підтримання публічного обвинувачення в суді у кримінальних провадженнях у сфері охорони навколишнього природного середовища, нагляду за додержанням законів при провадженні оперативно-розшукової діяльності у складі:
- першого відділу організації нагляду за додержанням законів у кримінальних провадженнях у сфері охорони навколишнього природного середовища;
- другого відділу організації нагляду за додержанням законів у кримінальних провадженнях у сфері охорони навколишнього природного середовища;
2) відділ представництва інтересів держави в суді у сфері охорони навколишнього природного середовища;
3) відділ організаційно-аналітичного та документального забезпечення.