У своїй діяльності Спеціалізована екологічна прокуратура керується Конституцією України, Кримінальним кодексом України (далі - КК України), Кримінальним процесуальним кодексом України (далі - КПК України), Законом України "Про прокуратуру", іншими актами законодавства, наказами Генерального прокурора, Регламентом Офісу Генерального прокурора, а також цим Положенням.