Спеціалізована екологічна прокуратура є самостійним структурним підрозділом Офісу Генерального прокурора (на правах Департаменту), підпорядкованим першому заступнику або заступнику Генерального прокурора згідно з розподілом обов'язків між керівництвом Офісу Генерального прокурора.