Робота працівників структурних підрозділів залежно від покладених на них обов'язків організовується за територіальним або функціональним (предметним) принципом відповідно до розподілу обов'язків, який здійснюється їхніми начальниками за погодженням із заступником керівника Спеціалізованої екологічної прокуратури - начальником управління (для відділів у складі управління) та керівником Спеціалізованої екологічної прокуратури і затверджується першим заступником або заступником Генерального прокурора згідно з розподілом обов'язків між керівництвом Офісу Генерального прокурора.