Спеціалізовану екологічну прокуратуру очолює керівник. Керівник Спеціалізованої екологічної прокуратури має заступника, який одночасно є начальником управління.
У разі відсутності керівника Спеціалізованої екологічної прокуратури його обов'язки виконує заступник керівника Спеціалізованої екологічної прокуратури, а в разі його відсутності - начальник одного з відділів Спеціалізованої екологічної прокуратури відповідно до наказу Генерального прокурора.