До складу Спеціалізованої екологічної прокуратури входять:
1) управління захисту інтересів держави у сфері охорони навколишнього природного середовища (далі - управління) у складі:
- відділу представництва інтересів держави в суді;
- відділу організації процесуального керівництва досудовим розслідуванням та підтримання публічного обвинувачення в обласних прокуратурах;
2) відділ процесуального керівництва досудовим розслідуванням та підтримання публічного обвинувачення;
3) відділ організації процесуального керівництва досудовим розслідуванням та підтримання публічного обвинувачення у кримінальних провадженнях у сфері охорони навколишнього природного середовища, пов'язаних зі збройною агресією;
4) відділ організаційно-методичної роботи та документального забезпечення.