Свою роботу Спеціалізована екологічна прокуратура організовує у взаємодії з іншими структурними підрозділами Офісу Генерального прокурора, прокуратурами всіх рівнів, Тренінговим центром прокурорів України, відповідними підрозділами правоохоронних та інших державних органів.