Безпосереднє управління санаторною школою здійснює її директор. Повноваження директора санаторної школи визначаються законодавством, цим Положенням та статутом санаторної школи.
Директор зобов’язаний забезпечувати змінність контингенту учнів (вихованців) з метою охоплення лікуванням в умовах санаторної школи максимальної кількості дітей із захворюванням, яке відповідає профілю санаторної школи, а також виконувати інші обов’язки, покладені на нього законодавством і трудовим договором.