Основними функціями медико-педагогічної комісії є:
1) проведення моніторингу стану здоров’я та особливостей розвитку дитини з урахуванням захворювання, оптимальних умов, форм і методів освітньої, виховної діяльності та надання медичної допомоги та реабілітації;
2) надання рекомендацій щодо зарахування, відрахування та переведення учнів (вихованців) із санаторної школи в інший заклад освіти;
3) розроблення рекомендацій щодо особливостей організації освітнього процесу та надання медичної допомоги відповідно до потенційних можливостей психофізичного розвитку учня (вихованця), а також визначення індивідуальної освітньої траєкторії.
Рішення медико-педагогічної комісії відображаються у протоколі засідання та приймаються простою більшістю голосів від складу комісії. У разі рівного розподілу голосів вирішальним є голос голови медико-педагогічної комісії. Засідання медико-педагогічної комісії проводяться у разі потреби, але не менш як два рази на рік.